2022年5月1日 星期日

研究與統計諮詢Q & A (9):Y=連續變數,使用R語言作統合分析二三事

研究與統計諮詢Q & A (10)Y=連續變數,使用R語言作統合分析二三事


 

週三接到十萬火急的SOS,位於中部的朋友L需在5月中之前完成meta-analysis,繳交送出。之前有去台北上過課,不過實作經驗還是欠缺,也不清楚需要那些圖表才完整,怎麼進行結果的解讀。

SM:文獻數據摘錄完成了嗎?主題是要作甚麼的?藥物成效評估嗎?

L:主題是作xxx介入的成效,文獻我們都選好了,10篇左右。但是資料不知道怎麼摘錄跟整理。很趕,要交了QQ

SM:資料趕快摘,不難的。文獻先寄給我看。我用急件處理。需要那些圖表?

L:可以跟我說要摘那些資訊嗎?文獻我寄過去了,還有自己先寫的結果,文字都先寫,數值出來就可直接填空。需要森林圖跟漏斗圖。

看了對方的文獻,我愣住了,這個有點麻煩。

SM:你的結果指標有二個?直接把Y1=…Y2=….或還有其他的,逐項列給我。結果指標是連續性得分計算的,不是二分類的?

L:主要指標一個,次要指標一個,還有一個不確定要不要作,有幾篇文獻有,評值文獻的學長是建議要作。對,這些都是用得分計算的。是要看介入組和控制組前後測改變量是否有差異、介入組的成效是否比對照組佳?

SM:嗯,那就都作,以免之後被要求再補。所以是要看兩組前後結局變數的改變量是否有差異,並且總效果介入組是否高於對照組?要森林圖跟漏斗圖?有確定圖需要呈現那些資訊?漏斗圖要有那些漏斗圖?

L:好,都作。對。森林圖,就一般需要呈現的資料。漏斗圖,要看發表偏差。文獻需要摘那些資料出來麻煩再跟我說。

很快把文獻結果看過,出乎我意料之外的麻煩。連續性(定量)結局變數比類別的呈現方式更多樣化。一般類別變數就是呈現ORRRHR(95% CI),連續性變數樂子可大了,總共有6種不同的呈現方式。各別組別的前、後測的mean(SD)mean(95% CI);各組前後測改變量的mean(SD)median(IQR)mean(SE)mean(95% CI)。要摘的標準數值應該是前後測改變量N, mean, SD。只有約1/3研究符合,其他都不是。

頭上馬上掉下三條線

SM:你們有先看過這些研究的結果指標的計算方式嗎?很多種不一樣的。

L:沒有,我們沒仔細看裡面是用什麼計算的。

SM:有這個、那個、那個、那個、那個….

L:啊!那怎麼辦?有辦法處理嗎?要交了!!

SM:我盡量試試,用它們的統計學公式推導彼此間的關係跟分布特性反推需要的數值,會有一定程度的誤差。用標準化平均值差異(Standardized mean difference, SMD)作為總效果量的計算指標,盡量縮小變異。沒原始資料,也沒時間再去找文獻來補,補了前面的文獻選擇又要重新寫,會來不及。我想到的最佳解,就是這樣。

L:可是有很多不同的指標!反推可以嗎?完全沒概念!!可以作出森林圖、漏斗圖嗎?可以教我漏斗圖怎麼看嗎?

SM:我試試,不過會有誤差。漏斗圖我再寫詳細說明,教你怎麼看。我會用BMJ對統合分析的指引作一套圖表。有想好要作subgroup analysis跟敏感性分析嗎?有的話,給我要分組的變數。

L@@??

SM你們可以用的篇數不多,時間也有限,先跳過好了。這次先把主要的圖表做出來,以後要補作再補。先跟其他成員溝通目前遇到的問題,以及我打算處理的方法,有其他建議提出,沒有就依據我的方式作。

L:說了,按照博士的建議作。

之前我有錄製如何使用R語言進行統合分析的線上課程,當時是以醫學研究最常見的二分類結局變數進行說明,使用meta套件中的metabin執行;這是第一次碰到連續性變數,需要改用metacont執行。SMD結果不好理解,對臨床意義沒法直接解釋。況且不同文獻結果又是有這麼多種不同的計算方式,複雜度跟難度提升許多。這類的meta-analysis,在一開始的資料錄入,可能就會遇到很大的挑戰。這點是收錄文獻時,就要先看清楚的。

SM:好。這件案子我會親自處理,盡快完成。有問題我直接丟line,再麻煩確認。

在爆肝趕工,對方盡力配合回答問題的情況下,三天內把三個結局變數整套的meta-analysis圖表跟說明交付給L確認。從line的對話中,似乎可以看到對方眼中的星星。

SM:你們結果跟後面的內容都是空的,盡量留多點時間給你們寫。還有約半個月的時間,應該可以把初稿完成。這段時間會比較辛苦,不過撐一下,很快就過去了。

L:博士,你們真的超厲害的。真是相見恨晚!我們從一月卡到現在!

有點小小的自豪,都爆肝了啊,加上對方也是盡力配合,才能在這麼短的時間完成。我知道之後陸續還是會遇到有不少問題,知跟行是兩回事,當圖表產出,有結果後,在推進研究的過程,常會有意料之外的問題。就當打遊戲破關吧,學到就是自己的。

持續推進很重要,不要想一次就完美,只有完成,不求完美。會有很多問題,會不知道怎麼下手,都很正常。把想到的先寫下來,別管這句話應該放在哪裡,先寫下來就對了。隨著內容陸續充實完整,文獻逐漸加入,輪廓就會日趨清晰,有了初稿,方向有、脈絡有,再作修內容的flow,求質精。

把可以做的事情,先去做就對了。不要遇到問題就卡在哪裡不動。困住我們的,常是我們自己。

 

👉工商時間👈

5月底使用R語言進行統合分析課程會再增加超過一倍的內容,全長6小時。加入內容為:(1)連續性結果變數的分析;(2)說明每段R程式碼用途;(3)圖表的解讀;(4)寫作範本。課程售價將由目前的2,200元,調整為6,000元。主要培養學員實戰能力。希望學員可以自己微調程式碼完成自己的分析。更進階的Network meta-analyses multilevel meta-analysis預計在明年Q1另開新課

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